Nochmal bitte in richtig. JS steht überlichweise für JavaScript. JavaScript hat mich Java in etwa so viel zu tun wie eine Baumschule mit einer Schule. Das sind zwei völlig verschiedene Dinge.
Also, was macht ihr denn genau? Ich hab es jetzt so verstanden, dass ihr in irgend einer Form ein Java-Applet verwendet. Aber wie genau? Wie wird das in eurem »Windows-Programm« eingebunden? Was ist das Windows-Programm für ein Programm? In welcher Laufzeitumgebung läuft das? Win32? .NET? Warum verwendet ihr überhaupt ein Java-Applet in einem Windows-Programm? Und ist es überhaupt ein Applet und nicht einfach ein Java-Programm, das irgendwie in einem anderen Programm eingebunden ist?