Ich denke die Geschichte von Pokémon Adventures: Ruby und Sapphire-Arc wird vorgeführt, also die Charaktere nun älter. Ich könnte mir vorstellen das sich im Manga sowas wie Team Omegamagmar und Team Alphasahpir (oder einfach nur Team Omega und Team Alpha) aus den verbliebenen Mitgliedern bilden wie damals bei Team Rocket in GSC. Und zwar als sie von den neuen Formen erfahren (durch irgend welche alten schriften, im sinne von "Die Wahre macht der beiden ruht in einem Tempel von "Ryūkyū Eiland" und denken sich mit dieser Macht kann ihr alter plan doch noch gelingen oder so.
Wobei mir einfällt das in XY gesagt wurde, das schon vor ein paar Jahren ein anders Team sich für Yveltal und Xerneas Interessiert hat. Könnte mir vorstellen das es in der Pokémon Adventures: ORAS-Arc um eben dieses Team geht. Das vielleicht sogar durch Untersuchungen der Megasteine in Kalos und deren Bezug zu Xerneas und Yveltal die neuen Formen von Groudon und Kyogre erzeugt hat. Oder sie erzeugen sie im verlauf des Mangas, also das dies die Handlung ist.